Senin, 2 Juni 2025, dilaksanakan upacara bendera peringatan hari lahirnya Pancasila. Upacara ini memang seharusnya dilaksanakan pada Minggu, 1 Juni 2025, namun seiring adanya revisi edaran pelaksanaan upacara di undur pada tanggal 2 Juni 2025. 
Upacara di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta di ikuti oleh seluruh Guru dan Tenaga Kependidikan serta seluruh siswa kelas X dan XI. Selaku inspektur upacara pada pagi hari ini yaitu Fitri Sari Sukmawati, M.Pd selaku kepala sekolah. Dalam amanatnya  beliau memotivasi murid SMA Muga untuk menghargai jasa para pendiri bangsa yang menyusun Pancasila sebagai Idiologi yang menyatukan semangat dan tekad seluruh rakyat untuk bersatu dalam NKRI. Fitri juga secara singkat membacakan teks amanat dari pemerintah kepada seluruh peserta upacara. Pesan kuat yang disampaikan kepada seluruh peserta adalah untuk menjaga toleransi, selalu menjadi pribadi yang baik dan beriman, punya semangat belajar dan menyiapkan masa depan ditengah tantangan zaman yang begitu kompleks.