Kegiatan  Supervisi Akademik adalah yang biasa dilakukan di SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta. Kegiatan ini merupakan kegiatan coaching yang dilakukan oleh kepalas sekolah terhadap praktik pembelajaran guru dikelas. Diawali dengan kegiatan pra observasi, observasi kelas dan pasca observasi maka kepala SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta terjun langsung mengikuti pembelajaran di kelas yang sudah disepakai dengan guru-guru. Tujuan dari kegiatan ini adalah untuk melihat langsung bagaimana guru mengajar dengan pendekatan pembelajaran mendalam serta mengimplementasikan pelatihan bilingual yang didapatkan pada bulan Desember 2025. Semoga supervise akademik ini  menjadi bagian yang memotivasi setiap guru untuk memberikan pembelajaran bermakna, berkesadaran dan menggembirakan pada siswa  sehingga mampu mencapai Dimensi Profil lulusan yang ingin dicapainya.