Pada hari Ahad (27/07/2025) SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta mendapat undangan penganugerahan kandidat sekolah model digital yang dinamai Program Jogja Smart School di Society Atrium Pakuwon Mall. Program Jogja Smart School diselenggarakan oleh Balai Tekkomdik Daerah Istimewa Yogyakarta. Sekolah yang menjadi kandidat terbaik se DIY sebanyak 20 sekolah SMA dan SMK yang persaingannya sangat ketat sebagi sekolah yang dapat menumbuhkan karakter literasi digital di lingkungan sekolah.

SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta yang sudah melengkapi semua sistem menggunakan sistem digital, sangat layak untuk terus menjadi sekolah digital yang terbaik. Sistem digital yang dimiliki SMA Muhammadiyah 3 Yogyakarta diantaranya sistem keuangan memakai virtual account, sistem presensi sekolah maupun sholat dhuha, dhuhur dan sholat ashar murid dan GTK dengan geo-location click,  sistem pembelajaran LMS yang digunakan untuk penugasan, CBT test untuk penilaian pada waktu terjadwal, serta yang paling terunggul pada penampilan yang selalu update dan pengelolaan dengan dua bahasa (Inggris dan Indonesia)pada website sekolah www.smamuh3jogja.sch.id.